כחלק מהחזון החינוכי של "ויצו ניר העמק" לטיפוח ערך המנהיגות וההעצמה האישית, כל תלמידי חטה"ב פעילים בקבוצות מנהיגות שונות, במטרה לחנך למודעות ביקורתית, אוריינטציה ערכית ואקטיביזם חברתי תוך נקיטת יוזמה אישית. 

מתוך תפיסה זו נבנו קבוצות מנהיגות שונות ומגוונות, כשלכל קבוצה מונה מורה מוביל מצוות בית הספר אשר פיתח תכנית עבודה חינוכית ערכית בשיתוף פעולה עם הצוות הפדגוגי של בית הספר וארגונים שונים במדינה ובעולם. 

מנהיגויות: 

כוח המחץ-איחוד והצלה, איכות הסביבה, שכבתית, העצמה נשית, יזמות עסקית, חקלאות, אקטואליה, אורח חיים בריא, ניווט עירוני, צילום, אקטואליה, אומנות, סטרטק-מחשבים, כדורגל, רדיו